Podczas procesu fermentacji następuje zmiana składu chemicznego nastawu. Zawartość cukru ulega obniżeniu na skutek przemiany na alkohol, a stężenie alkoholu wzrasta. Zmianie ulega także zawartość kwasów. Kwasowość lotna wzrasta w wyniku wytwarzania się kwasu octowego jako produkty ubocznego fermentacji alkoholowej lub na skutek zakażenia bakteriami oraz dostępu tlenu z powietrza do nastawu (fermentacja octowa). Jeżeli stężenie w gotowym winie nie przekracza 1,2 g/ l wina czerwonego lub 0,9 kwasu na jeden litr wian białego, to przyrost kwasów lotnych na całym etapie produkcji można uważać za normalny. Gdy natomiast kwasowość lotna będzie większa, to fakt ten staje się przyczyną dyskwalifikacji wina.

Pod koniec fermentacji szczególnie w okresie leżakowania mogą zachodzić procesy biologicznego odkwaszania wina.

Zmianom ulega również  temperatura nastawu. Wzrost temperatury następuje wtedy, gdy straty ciepła do otoczenia przez ściany pojemników są niższe niż przyrost ciepła spowodowany procesem fermentacji nastawu. Sytuacja taka ma miejsce podczas fermentacji burzliwej. Jeżeli temperatura ulega obniżeniu, oznacza to, ze fermentacja jest za wolna a starty ciepła są znacznie wyższe niż jego przyrosty

Ważne jest, aby proces fermentacji był pod stalą kontrolą. Kontroli powinna podlegać temperatura nastawu, przyrost alkoholu, zmiana kwasowości oraz obniżenie się stężenia.

Zakłócenia fermentacji wg Jana Kaleciaka

1. Fermentacja nie rozpoczęła się i jest zbyt słaba

Przyczyny powstawania

• Temperatura jest za niska
• Za duża zawartość SO₂
• Za mała ilość matki drożdżowej
• Słaba jakość matki drożdżowej
• Duży ekstrakt w nastawie
• Brak pożywki w środowisku
• Brak tlenu, nastaw nie napowietrzony, w związku z tym drożdże słabo się rozmnażają i przy malej ilość komórek przebieg fermentacji jest słaby

Przyczyny powstawanie

• Matka drożdżowa słabej jakości; nie stworzone warunki selektywne dla drożdży szlachetnych, wobec czego rozpoczęła się fermentacja samorzutna drożdży dzikich, dla których wyższe stężenie alkoholu jest już szkodliwe

3. Fermentacja ustała przy 10% zawartości alkoholu

Przyczyny powstawanie

• Temperatura nastawu początkowo wysoka (powyżej 20°C) fermentacja szybko przebiega, temperatura podniosła się, osłabiła drożdże, w efekcie czego nie przeprowadziły one fermentacji do końca
• Za mało dodano cukru
• Matka drożdżowa był osłabiona, drożdże nie wytrzymały wyższego stężenia alkoholu
• Cukier dodano w dwu częściach, drugą część dodano zbyt późno, gdy drożdże opadły już na dno

4. Duży przyrost kwasów lotnych

Przyczyna powstawania

• Rozwój bakterii kwasu octowego wywołany wstrzymaniem fermentacji alkoholowej przy niezabezpieczonym otworze zbiornika i złych warunkach higienicznych (dostęp tlenu, rozwój muszki octowej)

5. Obniżenie kwasowości ogólnej

Przyczyny powstawania

• Wzmożone działanie bakterii fermentacji mannitowi-mlekowej wywołane: wyższa temperaturą przy niezabezpieczonym otworze zbiornika i złych warunkach higienicznych (dostęp tlenu, rozwój muszki octowej)

6. Fermentacja przeciąga się zbyt długo

Przyczyny powstawanie

• Słabe wymieszanie nastawu w dolnej części zbiornika
• Większe stężenie cukru
• Za duże stężenie cukru
• Słaba matka drożdżowa lub mała jej ilość
• Okres zafermentowania trwał zbyt długo z przyczyn wymienionych w punkcie 1

7. Drożdże trudno osadzają się (mimo że fermentacja ustała)

Przyczyny powstawania

• Pozostał duży ekstrakt cukrowy, przez co ciężar właściwy wina jest wysoki i zawiesina nie opada

8. Rozwój drożdży kożuchujących

Przyczyna powstawania

• Fermentacja właściwa zbyt wcześnie przerwana
• W nastawie brak SO₂ w dawce, która hamuje rozwój mikroflory dzikiej
• Otwór nie zabezpieczony czopem fermentacyjnym, w związku z tym powietrze przedostaje się do nastawu