Cis- trans izomeria jest jedyną z cech charakterystycznych nienasyconych kwasów tłuszczowych. W kwasach tłuszczowych występujących w tłuszczach pokarmowych najczęściej spotykaną konfiguracją wiązań podwójnych jest konfiguracja cis. Oznacza to, że rodniki w stosunku do osi wiązania podwójnego są po tej samej stronie wiązania. Jeśli rodniki w znajdują się po przeciwnych stronach mamy do czynienia z izomerem typu trans. W naturalnych tłuszczach i olejach kwasy tłuszczowe mają formę cis. Formy trans powstają pod wpływem działanie różnych czynników fizycznych i chemicznych stosowanych w technologii żywności. Przy przetwarzaniu olejów odsetek form trans może dochodzić do 60%.

Jak podaje Gawęcki in., stosowany podczas produkcji margaryn proces utwardzania ciekłych olej roślinnych, polegający na uwodornianiu wiązań nienasyconych, prowadzi powstawania kwasów nasyconych oraz nienasyconych kwasów o konfiguracji trans.Wiąże się to z utratą swoistej aktywności biologicznej przez te kwasy tłuszczowe, które stają się wyłącznie źródłem energii. Możliwość izomerów trans jest tym większa, im więcej jest wiązań podwójnych w cząsteczce kwasu tłuszczowego. Pierwsze badania przeprowadzone na szczurach wykazały, że przy karmieniu szczurów tłuszczami trans, występowało najpierw zahamowanie wzrostu, a potem objawy niedoborów niezbędnych nienasyconych kwasów tuszowych. Dodanie tych kwasów i witaminy B₆ przeciwdziałało powstawaniu wspomnianych objawów. W wielu badaniach doświadczalnych, klinicznych i epidemiologicznych wykazano niekorzystne działanie na organizm izomerów trans, które, podobnie jak kwasy tłuszcz nasycone, podnoszą w osoczu krwi stężenie cholesterolu całkowitego oraz chol-LDL, a ponadto obniżają stężenie chol-HDL. Wykazują więc silnie działanie aterogenne w porównaniu z nasyconymi kwasami tłuszczowymi.

Jak podkreśla autor, izomery trans kwasów tłuszczowych wywierają niekorzystne działanie na wiele procesów biochemicznych i fizjologicznych w organizmie człowieka, m.in. mogą przyczyniać się do niskiej masy urodzeniowej niemowląt podwyższać poziom insuliny we krwi w odpowiedzi na obciążenie glukozą,  zaburzać czynność układu immunologicznego, hamować aktywność Δ-6-desaturazy, obniżając wydajność przemiany kwasu linolowego w kwas arachidonowy.

Izomery trans kwasów tłuszczowych nienasyconych, znajdujące się w pożywieniu, przechodzą z krwi przez łożysko do płodu, a w wyniku karmienia piersią — z mlekiem do organizmu niemowlęcia.

Głównym źródłem izomerów trans są częściowo uwodornione tłuszcze: margaryny, tłuszcze piekarskie, kuchenne. Kwasy typu trans występują także w niewielkich ilościach w mleku, maśle, serach, wołowinie, baraninie. Przejściowo powstają w tkankach ludzkich, podczas rozkładu kwasów typu cis. Formy trans zalicza się do tej samej grupy co kwasy nasycone, gdyż tracą swoistą rolę biologiczną i stają się tylko źródłem energii. Niekorzystne działanie izomerów trans obserwuje się dopiero wtedy, gdy  stężenie ich w diecie przekracza co najmniej 6% energii. Do zmniejszenia izomerów trans przyczyniły się nowe technologie produkcji margaryn, polegające na estryfikacji tłuszczów. Proces tan polega na wewnątrz- lub między cząsteczkowej wymianie kwasów tłuszczowych (modyfikacji budowy triglicerydów), umożliwia uzyskanie tłuszczu o stałej konsystencji, w którym nie zmienia się skład kwasów tłuszczowych i nie powstają izomery trans (Ciborowska i in.).

Jan Gawęcki- Żywienie człowieka. Podstawy nauki o żywieniu;  H. Ciborowska, A. Rudnicka- Dietetyka- żywienie zdrowego i chorego człowieka, Aleksandre Szczygieł- Podstawy fizjologii żywienia. PZWL .